Det er kommunene som er førsteinstans for de fleste tilskuddsordningene. Kommunene informerer brukerne, behandler søknader og gjennomfører stikkprøvekontroller ved gårdsbrukene. Statsforvalteren er koordinator og rådgiver overfor kommunene.
Statsforvalteren veileder kommunene om tilskuddsordningene og er klageinstans for kommunens vedtak. Statsforvalteren gir eventuelle dispensasjoner, og da er det Landbruksdirektoratet som er klageinstans. Statsforvalteren skal dessuten gjennomføre forvaltningskontroller hos kommunene og foretakskontroller på enkeltbruk. Det blir utarbeidet en plan for denne kontrollvirksomheten hvert år.