Det er kommunane som er førsteinstans for dei fleste tilskotsordningane. Kommunane informerer brukarane, behandlar søknader og gjennomfører stikkprøvekontrollar ved gardsbruka. Statsforvaltaren er koordinator og rådgivar overfor kommunane.
Statsforvaltaren rettleier kommunane om tilskotsordningane og er klageinstans for kommunens vedtak. Statsforvaltaren gir eventuelle dispensasjonar, og då er det Landbruksdirektoratet som er klageinstans. Statsforvaltaren skal dessutan gjennomføre forvaltningskontrollar hos kommunane og føretakskontrollar på enkeltbruk. Det blir utarbeidd ein plan for denne kontrollverksemda kvart år.